صهیون، شهر انسانها در مقابل حملات بی امان ماشینها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
لئونارد مردی که حافظه کوتاه مدتش را از دست داده و دیگر قادر نیست چیز جدیدی را به خاطراتش اضافه کند. او بوسیله یادداشتها و خالکوبی کردن بدنش، به دنبال مردی است که فکر می کند همسرش را به قتل رسانده. د…
توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانهای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شبها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگیاش بوده است، اما حقیقت خارج از تصو…